京都芸術センターの運営は、芸術家・芸術関係者を主体として、それを支援する市民・行政等と協力関係を築くことで実現されています。センターの代表者である館長のもと、その諮問機関となるアドバイザリーボードを設けるとともに、運営方針の策定や制作室使用者の選考などを行う運営委員会を設置しています。

平成12年の開設以来、公益財団法人京都市芸術文化協会が施設の管理運営を行っています。（平成18年度以降は指定管理者として、管理運営を行っています。）

運営組織図

館長・アドバイザー・運営委員・アドバイザリーボード名簿
（2023.10.1現在）

館長

建畠 晢

副館長

山本麻友美

アドバイザー

千 宗室

運営委員

委員長

田中誠二

委員

稲賀 繁美
柿沼 敏江
平芳 幸浩
広瀬 依子
ほんま　なほ
森山 直人
平賀 徹也

アドバイザリーボード

委員

井上 八千代
太田 耕人
太田垣 實
久保田 敏子
森口 邦彦

運営趣意書

2000年、新ミレニアム（千年紀）の春4月、京都芸術センターは第一歩を踏み出した。21世紀の芸術創造の新しい風を起こすために、これまでに類例のない運営と活動の拠点となることをめざしている。美術館でも劇場でもホールでもない。旧来の制度的なものに束縛されない自由な在り方で、現在とかかわる創造表現の力と熱を発散し、新たな芸術文化を生み出す坩堝となることを企図する。
21世紀は、芸術文化が都市を作る時代である。文化・芸術が都市の活力を生み出し、市民の心豊かな生活を可能にする。その中核的な役割を、京都芸術センターは担う。多様化と拡散を続ける芸術諸ジャンルの触発・融合、芸術と学問、芸術と産業、伝統と現代などさまざまなパラダイムの溶融、混沌としたエネルギーの渦巻く場を指向するそのカオスが新たな世紀の芸術文化の創造につながる。
基本となる活動の方向性は二つ。一つは、京都がもつ優れた芸術文化の伝統や蓄積を現代に生かすこと。もう一つは京都の広範な学術的風土を背景として、新たなヴィジョン創出のための実験的な試みを可能にすること。
新しい出発に向け当面意図する具体的な活動は三つである。まず、若い芸術家の制作・発表活動を支援し、さまざまな芸術ジャンルの融合だけでなく、芸術や学問や産業が交差する場とする。2番目は情報・批評誌刊行をはじめ情報通信ネットワークに即応・発信する芸術文化情報センターとして機能する。3番目が、国内外の芸術家・芸術関係者を受け入れるアーティスト・イン・レジデンスを中心に芸術家同士が刺激しあい、芸術創造を通して市民や次世代の子供達も巻き込んださまざまな出会いと交流を可能にする。
京都芸術センターは、単なる新しい器ではない。これまでにない芸術文化の創造の砦になるために絶えざる運営の見直しと新システムの構築を追及していく。芸術センターもまた新世紀の芸術と文化の創造の海へ、いま船出したのだ。

2000年 京都芸術センター運営委員会